近年来，南京市在建设全面小康社会的进程中，南京市依托科教资源优势，通过“创新、创业、创优”，建立产学研协同创新机制，强化企业在技术创新中的主体地位方面开展了很多工作，南京市在取得了很好的成效，由此产生了一系列重大的自主创新成果。从进一步建设好创新性城市的角度出发，结合目前企业在科技创新中遇到的困难，现提出如下建议：
一是从顶层规划角度考虑，将各种创新支持政策形成“一站式”的支持政策。目前各级政府出台的支持创新的政策很多，包括税收优惠、产权激励政策、高端人才培养、新技术新产品首购首用、重大装备首台套示范应用等，但从企业的角度来看，企业更希望能集中出一个“一站式”的支持政策，将原先各口子出台的政策形成一个系统，便于企业充分利用政策增强创新能力。
二是加大对科技研发活动的税收政策支持，由重过程投入转变为过程、结果并重。政府对于科技研发活动已经制定了支持性税收政策，现行的奖励政策思路是对经认定的研发费用采取150%抵税计算所得税，即对研发过程投入的补偿，但对该项投入取得的科技成果关注不足。为提高国家政策资金使用效率，确保政府的科技资金取得实效，应新增成果导向型的补充激励机制。即在保持原有激励政策的基础上，鼓励企业自筹资金开展研发活动，待成果形成产品、实现市场化销售或形成的研发成果经主管机构认定后，原研发投入可考虑按照200%~300%抵扣计算所得税。同时，形成综合激励体系，对研发活动有融资的，可考虑财政贴息等方式进行支持；对主要研发人员，设立个税优惠。
三是启动如何支持军民融合发展的课题研究。目前，在宁国防军工院所和企业很多，创新能力很强，是南京市的一大特色，它们所进行的研发活动直接推进了高科技的产业化进程。其中最有代表性的是十四所、熊猫电子、晨光集团、国电南自等。这些大所大企业是带动所在行业自主创新的排头兵，具有用系统集成方式实现重大装备创新和产品国产化的能力。在国家推进军民融合发展重大举措下，建议南京市能够专设一个课题，重点研究制定什么样的政策、实施什么样的配套措施，来支撑在宁军工院所和企业更好地实现军民融合发展，充分利用军工科技创新能力支撑地方经济发展。
